E-Rechnungspflicht trifft Healthcare-Startups früher als gedacht

Seit dem 1. Januar 2025 müssen alle inländischen Unternehmen E-Rechnungen empfangen und verarbeiten können. Für Healthcare-Startups ist die Lage komplexer als in anderen Branchen, weil steuerfreie Heilbehandlungen nach § 4 Nr. 14 UStG, steuerpflichtige B2B-Umsätze und die Abrechnung mit Kostenträgern häufig im selben Unternehmen zusammenfallen.

Eine E-Rechnung ist kein PDF, sondern ein strukturierter Datensatz nach der europäischen Norm EN 16931. Verbreitet sind zwei Formate: die XRechnung als reine XML-Datei, die im Behördenverkehr bereits Standard ist und eine Leitweg-ID erfordert, sowie ZUGFeRD ab Version 2.0.1, das XML-Daten in ein PDF einbettet.

Beim Versand gelten gestaffelte Fristen. Bis Ende 2026 sind Papierrechnungen noch zulässig, ab 2027 müssen Unternehmen mit mehr als 800.000 Euro Vorjahresumsatz strukturierte Rechnungen versenden, ab 2028 gilt die Pflicht für alle B2B-Umsätze. Klinikkonzerne und Pharmapartner fordern strukturierte Rechnungen jedoch bereits heute, unabhängig von gesetzlichen Übergangsfristen. Verbindliche Antworten auf Detailfragen liefert der laufend aktualisierte Fragen-und-Antworten-Katalog des Bundesfinanzministeriums.

Die Pflicht betrifft Healthcare-Startups vor allem bei SaaS-Lizenzen, Beratungsleistungen, Studienkooperationen und steuerpflichtigen Nebenleistungen. Der Datenaustausch mit Krankenkassen nach SGB V läuft über eigene Verfahren und ist buchhalterisch getrennt zu führen.

Für die Umstellung empfiehlt sich eine strukturierte Vorgehensweise: Rechnungsarten klassifizieren, Softwaresysteme auf XRechnung- und ZUGFeRD-Kompatibilität prüfen, Kundenstammdaten aktualisieren und Testrechnungen vor dem Pflichttermin austauschen. Wer früh handelt, verkürzt Zahlungszyklen und tritt in Ausschreibungen professioneller auf.